马来西亚理工大学专业有很多，本科主要有生物医学工程、图形和多媒体软件、机械工程、心理学与人力资源开发、景观建筑、工业生物学等专业，而硕士主要有生物科学硕士、建造工程硕士、教育心理学硕士、材料与结构硕士、项目管理硕士、沿海与海洋硕士、课程和教学硕士等。
马来西亚理工大学本科专业
1、主校区：工程学院：生物医学工程，化学工程，核工程学，化学工程（生物过程方向），化学工程（气体方向），石油工程，土木工程，软件工程，计算机网络和安全，图形和多媒体软件，电子工程，电气工程，电气-机电一体化，机械工程，机械工程（材料方向），机械工程（工业方向），机械工程（航空方向），机械工程（汽车方向），机械工程（制造方向），海军建筑和海洋工程
人文和社会科学学院：教育专业（英语教育方向），人力资源，心理学与人力资源开发
建筑环境与测量学院：建筑科学，数量测量，建设科学，城市与区域规划，景观建筑，测绘工程，地理信息科学，土地管理和开发，物业管理
科学学院：生物科学，化学科学，数学科学，物理科学，工业生物学，工业化学，工业数学，工业物理
商学院：会计，市场营销管理，管理学（技术）
2、吉隆坡校区：日马国际技术学院：电子系统工程，机械精密工程，化学过程工程，软件工程
马来西亚理工大学硕士专业
生物医学工程与健康科学：生物医学工程硕士，康复技术硕士，生物科学硕士，健康科学
土木工程：土木工程，建设管理，环境管理，岩土工程，液压与水文学，建造工程，运输工程，法医工程，项目管理、沿海与海洋硕士，建筑硕士，环境硕士，岩土工程，高速与交通，液压学，水文与水资源，材料，材料与结构，结构硕士，交通运输硕士
教育：化学教育，课程和教学硕士，教育和发展，教育心理学，教育科技，指导和辅导，管理与行政，数学教育，测量与评估，物理教育，英语教育，技术与职业教育
建筑环境与测量：建筑学硕士，建造合同管理，旅游规划，运输规划，城市与区域规划，资产与设施管理，地理信息学，遥感，地理工程，房地产，土地管理与发展
