马来西亚理科大学硕士专业有很多，在混合型硕士方面，主要有地理信息科学、电子系统设计工程、翻译员和英语研究硕士、环境工程硕士等专业，而在授课型硕士方面，主要有计算机科学硕士、新闻环境研究硕士、教育经营与管理硕士、经济管理硕士、电子系统设计工程硕士等专业。
马来西亚理科大学混合型硕士专业
原料工程、数学、统计、化学仪器、地理信息科学、旅游发展、综合医学、医学研究、环境工程、建筑工程、电子系统设计工程、输血科学、临床解剖学、医疗统计学、医科教育学。文硕士：马来语、文学、传媒、翻译员和英语研究、翻译学
马来西亚理科大学授课型硕士专业
计算机科学、信息科技、固体形态物理学、医学物理、企业管理、设计、建筑科技住宅学、建筑环境、旅游发展、电子系统设计工程、运动学、数学教学。传媒硕士：电影研究、新闻环境研究；工商管理硕士MBA，学费5.6万人民币；公共关系硕士、经济管理硕士、药剂学硕士（临床药剂学）、多媒体教育学硕士；教育硕士：课程研究、教育经营与管理、心理测试与教育评估、教育科学、英语教育/第二英语教学、教学技术、教育心理学、（对个人，社会以及心理等问题的）咨询/指导。
